本課程為普通微生物學及應用微生物學之延伸，為生化科技系領域必修課程，亦提供微生物與生化研究所及其他系所修習，以生物技術相關科系，尤其是已修習微生物學之學生為主要授課對象，每週授課二小時，學程半年共二學分。
本課程內容旨在擴大應用微生物之範圍，說明微生物遺傳學及分子生物學在微生物應用上之原理及操作，並以實例說明。由建立微生物育種之理論基礎，介紹各種實際上育種之方法，使學生瞭解育種在微生物工業中之應用。
本課程教材係取材自普通微生物學､應用微生物學､微生物遺傳學及分子生物學等相關書籍，綜合其內容，以符合微生物育種課程之需要編排。